Le rôle du médecin du travail est exclusivement préventif. Il consiste à éviter toute altération de la santé des travailleurs du fait de leur travail, notamment en surveillant leurs conditions d'hygiène au travail, les risques de contagion et leur état de santé.

Le code du travail liste ses domaines d'intervention, et prévoit que ses missions sont assurées à travers des actions sur le milieu de travail auxquelles il doit consacrer au moins un tiers de son temps de travail et la réalisation d'examens médicaux.

La réforme de 2011 a attribué de nouvelles compétences au médecin du travail :

• conseil en matière d'adaptation des postes, des techniques et des rythmes de travail à « la santé physique et mentale, notamment en vue de préserver le maintien dans l'emploi des salariés »;
• conseils sur la protection des travailleurs contre les risques «d'exposition à des agents chimiques dangereux».
• conseils à l'employeur visant à la préservation de la santé des travailleurs.

Par son intervention sur le milieu de travail, le médecin du travail apporte son expertise à l'employeur ainsi qu'aux salariés et à leurs représentants, en les renseignant sur la nature des risques qu'il a identités, en proposant des actions correctrices des conditions de travail.

Le médecin du travail mène des actions de prévention en coordination avec l'employeur, les représentants des salariés et les préventeurs extérieurs.

• Fiche d'entreprise : elle décrit, pour chaque entreprise, les risques professionnels présents et le nombre de salariés exposés. Sa présentation au CHSCT de l'entreprise concernée est obligatoire.
• Campagnes d'informations
• Visite des lieux de travail
• Etude des postes de travail
• Participation aux CHSCT
• Hygiène des locaux et des services de restauration de l'entreprise
• Propositions et préconisations transmises à l'employeur.

Le suivi individuel de l'état de santé du salarié constitue une compétence propre du médecin du travail. Son déroulement est consigné dans un dossier médical en santé au travail propre à chaque salarié, alimenté par les observations faites par le médecin à l'issue de chaque examen, et comportant les fiches d'aptitude et les fiches d'exposition du salarié. Ce dossier est confidentiel et répond aux exigences du Code de la santé publique.

Grâce à ses décisions et aux conseils de prévention qu'il délivre dans le cadre du suivi médical individuel des salariés, Le médecin du travail contribue à la protection individuelle de la santé des travailleurs.

Les examens médicaux effectués par le médecin du travail ont lieu sur le temps de travail ou, à défaut, sont rémunérés comme tels. Ils sont à la charge de l'employeur. Le cas échéant, le médecin du travail peut prescrire tout type d'examen complémentaire ou demander tout type d'avis spécialisé pour rendre son avis, notamment concernant l'aptitude du salarié à occuper son poste.

Les examens médicaux ou "visites" sont réglementés et se répartissent en plusieurs catégories :

• Visite d'embauche : il s'agit de l'examen médical initial du salarié. Elle a lieu obligatoirement avant la fin de la période d'essai ou, pour les postes relevant d'une surveillance médicale renforcée (cf. infra), avant l'embauche (prise de poste).

• Visite périodique : il s'agit d'un examen médical régulier. Sa fréquence ne peut dépasser deux ans, sauf si des actions pluridisciplinaires et des entretiens infirmiers de prévention ont été mis en place.

• Visite de pré-reprise : elle a lieu à la demande du médecin traitant, du médecin-conseil, ou du salarié, pendant un arrêt maladie durant plus de 3 mois. Elle vise à préparer la reprise du travail. Elle ne peut donner lieu à l'établissement d'une fiche d'aptitude ou d'inaptitude.

• Visite de reprise : Elle est obligatoire à l'issue d'un arrêt de travail de 30 jours ou plus pour maladie non-professionnelle ou accident de travail, d'un congé maternité, et de tout arrêt de travail pour maladie professionnelle.

• Visite à la demande du salarié ou de l'employeur : Le salarié ou l'employeur peuvent à tout moment demander un examen médical du salarié par le médecin du travail. Un salarié ne peut être sanctionné pour en avoir fait la demande.

La surveillance médicale renforcée (article R. 4624-18 et R. 4624-19 du Code du travail) concerne les salariés :

• soit en raison de leur statut personnel : jeunes travailleurs (moins de 18 ans), femmes enceintes, travailleurs handicapés
• soit en raison de risques professionnels spécifiques auxquels ils sont exposés.

Afin de protéger la santé des salariés, le médecin du travail détermine leur aptitude à occuper leur poste de travail à l'issue de tous les examens, à l'exception de la visite de pré-reprise.

Il peut ainsi conclure à : l'aptitude, l'aptitude avec restrictions ou recommandations, l'inaptitude temporaire ou l'inaptitude définitive. En cas d'inaptitude temporaire, le salarié est invité à consulter son médecin traitant qui prescrira un arrêt de travail. En cas d'inaptitude définitive au poste de travail, un reclassement dans l'entreprise doit être proposé par l'employeur après un deuxième examen médical effectué 15 jours après le premier, une étude du poste de travail et des conditions de travail dans l'entreprise. En cas de danger immédiat, l'inaptitude définitive peut être prononcée à l'issue d'un seul examen par le médecin du travail.

À défaut de reclassement (inaptitude à tout poste dans l'entreprise), le salarié peut être licencié. L’article L. 1226-14 du Code du travail dispose cependant qu’un salarié inapte licencié qui a refusé un poste de reclassement a droit à une indemnité de préavis, ainsi qu’à l’indemnité spéciale de licenciement sauf si ce refus est abusif. Or, même après avis d'inaptitude, le salarié a droit de refuser un reclassement induisant un changement du contrat de travail (un salarié à plein temps peut ainsi refuser un reclassement en temps partiel, même si celui-ci est préconisé par le médecin).

Le recours contre les décisions d'aptitude ou d'inaptitude du médecin du travail (R. 4624-35 et 4624-36 du Code du travail) a lieu devant l'inspection du travail, qui rend sa décision après avis du médecin inspecteur régional du travail. Selon la CAA de Lyon, un tel recours ne peut avoir lieu qu'avant le licenciement.